Zakład Ekofizjologii Molekularnej Roślin

Kierownik zakładu: prof. dr hab. Paweł Sowiński

Pracownicy Zakładu

Problematyka badawcza:

1. Molekularne mechanizmy wrażliwości kukurydzy na chłód:

  • analiza porównawcza wzoru ekspresji genów w liściach siewek kukurydzy poddanych działaniu chłodu (technika mikromacierzy oligonukleotydowych)
  • badanie zmiany ekspresji w chłodzie wybranych genów z użyciem ilościowego RT-PCR (qRT PCR)
  • analiza informatyczna sekwencji nukleotydowych potencjalnych obszarów regulatorowych wybranych genów
  • re-sekwencjonowanie genomów kilku linii wsobnych kukurydzy
  • edytowanie genomowe z użyciem systemu CRISPR/Cas9

2. Zegar endogenny kukurydzy:

  • analiza wzoru ekspresji genów biorących udział w regulacji cyklu okołodobowego kukurydzy

Projekty 1 i 2 są realizowane we współpracy z dr. hab. Janem Fronkiem i dr Joanną Trzcińską-Danielewicz (Zakład Biologii Molekularnej UW), dr Anną Bilską (Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie) oraz zespołem prof. Piotra Zielenkiewicza (Zakład Biologii Molekularnej UW).

3. Hormonalna regulacja morfogenezy roślin w kulturach in vitro:

  • regulacja biosyntezy metabolitów wtórnych w hodowlach tkanek roślinnych in vitro
  • kultury in vitro roślin jednoliściennych

Stosowane techniki:

  • mikromacierze oligonukleotydowe
  • ilościowy RT-PCR
  • analizy statystyczne i bioinformatyczne danych z technik wysokoprzepustowych
  • przyżyciowe obserwacje transportu symplastowego barwników fluorescencyjnych (CMNB caged fluoresceine, karboksyfluoresceina) w liściach traw C4 z użyciem mikroskopu konfokalnego
  • mikroskopia świetlna, fluorescencyjna, konfokalna, elektronowa skaningowa
  • immunocytochemia (immunogold, immunofluorescencja, hybrydyzacja in situ)
  • mikroautoradiografia
  • przyżyciowe badania transportu produktów fotosyntezy z użyciem izotopów węgla 14C i 11C
  • wykrywanie programowanej śmierci komórkowej metodą TUNEL
  • chromatografia HPLC i FPLC
  • metody biochemii białek
  • elektroforeza (natywna, SDS, IEF)
  • oznaczenia aktywności enzymów in vitro, in vivo i in muro
  • hodowla komórek roślinnych in vitro
  • klonowanie genów

Aparatura specjalistyczna:

aparat do ilościowego RT-PCR (wykorzystywanie wspólnie z innymi Zakładami IBEBR i ZBM), aparat do RT- PCR, aparaty do elektroforezy białek i DNA, wirówka próżniowa, spektrofotometry, wagi analityczne, wirówki, homogenizatory, wytrząsarki, HPLC Schimadzu, urządzenia do oczyszczania białek, aparat do pomiaru fluorescencji chlorofilu (in vivo), aparat do mikroiniekcji, mikromanipulator, Minicool, kriostaty, aparatura do pomiaru DTA, komory do hybrydyzacji mikromacierzy, autoklawy i komory laminarne (wykorzystywanie wspólnie z innymi Zakładami IBEBR), komory fitotronowe, szklarnia, oprogramowanie do analizy mikromacierzowej, ARIADNETM – oprogramowanie do analizy sieci oddziaływań białek i mikroRNA, oprogramowanie do analizy obrazowej

Aktualne granty:

Grant OPUS XIV 2017/27/B/NZ9/00995 Tolerancja chłodu u kukurydzy na wczesnym etapie rozwoju, a wrażliwość na światło Kierownik: prof. dr hab. Paweł Sowiński, 2018 – 2021

Grant Sonata VIII 2014/13/D/NZ9/04777 Mechanizm regulacji ekspresji genów we wczesnych fazach rozwoju siewek dwóch linii wsobnych kukurydzy w stresie chłodu; Kierownik: dr Maciej Jończyk 2015-18

Grant Opus III, UMO-2012/05/B/NZ9/03407 Adaptacja kukurydzy do chłodu na wczesnym etapie rozwoju w ujęciu morfofizjologicznym i molekularnym; Kierownik: prof. dr hab. Paweł Sowiński, 2013 – 2016

Publikacje zakładu

Prace licencjackie, magisterskie i doktorskie z ostatnich lat

Dydaktyka

Comments are closed.